深夜的租界，泛起了白雾。几名醉汉正在街上撒酒疯，调戏卖花女孩。突然身后马蹄声响起，为首的醉汉刚一转身，胳膊就被砍断。其他人大惊失色，这才看出骑在马上的竟然是关二爷！随后几日，租界又出现关公像砸死人的案件，一时间关公显圣的传闻传遍租界。

工藤新一，米花高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非